Para se ter uma posição técnica sobre o assunto, deveremos inicialmente nos certificar de como é a base de cálculo do ICMS à luz da Lei 6.374/89 (Lei do ICMS no Estado de São Paulo).

Em seu artigo 24, inciso IV, a base de cálculo é :

V - quanto ao desembaraço aludido no inciso IV, o valor constante do documento de importação, acrescido do valor dos Impostos de Importação, sobre Produtos Industrializados e sobre Operações de Câmbio, bem como de quaisquer outros impostos, taxas, contribuições e despesas aduaneiras;

Portanto a base de cálculo do ICMS na importação écomposta por:

Valor Aduaneiro + II + IPI + Tx. Siscomex + PIS + COFINS + Desp. Aduaneiras (multas) + AFRMM . O total é dividido por 0,82,  ou outro fator que integre o montante do imposto à sua base de cálculo.

Para termos certeza,  se o AFRMM integra  a base de cálculo deveremos fazer três perguntas:

a) O AFRMM é um imposto ?

b) O AFRMM é uma Taxa ?

c) O AFRMM é uma Contribuição ?

Se a resposta for positiva a um destes quesitos,  o AFRMM faz parte da base de cálculo do ICMS na importação de bens e mercadorias do exterior.

O Supremo Tribunal Federal tem reconhecido à exaustão o perfil do AFRMM, como sendo um tributo da modalidade das contribuições.

Antes de 1988, o AFRMM era classificado como sendo um tributo da modalidade das contribuições parafiscais. Com a promulgação da Constituição Federal de 1988, este tributo foi recepcionado como contribuição especial de intervenção no domínio econômico (CIDE).

É de fundamental importância a definição do AFRMM, que o Supremo Tribunal Federal, deixou claro na Súmula 553 de que é uma Contribuição.

Ao analisarmos o texto da Lei sobre a base de cálculo do imposto na importação, lá depararemos com a obrigatoriedade de se levar as contribuições à base de cálculo.

  Neste mesmo sentido a Resposta da Consultoria Tributária (SEFAZ SP) nº 4776/2015 confirma que o  Adicional de Marinha Mercante integra a base de cálculo do ICMS na importação. 

A RC 4776/2015 está disponível no link "Respostas da Consultoria Tributária" - Base de Cálculo.

 Em tempo: Havia a discussão sobre a constitucionalidade da Lei 11.001/2001 que não obedeceu os ritos previstos na legislação, sendo promulgada pelo Governador de São Paulo antes da Lei Complementar 114/2002.

Diante do flagrante vício,  o STF decidiu pela inconstitucionalidade da Lei paulista 11.001/2001 porém, posteriormente o Ministro Gilmar Mende entendeu que a Lei paulista apesar de editada em desalinho com a norma tributária era constitucional, desta forma, encerrou-se a discussão sobre a inconstitucionlidade da Lei nº 11.001/2001 a qual  implementou a EC 31/2001 na legislação paulista.

Portanto, smj,  a discussão sobre a  inclusão no Adicional de Marinha Mercante à base de cálculo do ICMS na importação restou prejudicada.

Em resumo, o AFRMM integra a base de cálculo do ICMS na importação.